Muu lajisto

Kalasto

Koekalastukset osoittavat kalaston talvehtimisedellytysten parantuneen  1980- luvun kunnostusten myötä, mutta suurin osa kalastosta vaeltaa edelleen syksyisin pois alueelta. Koekalastuksissa 1990- 94 tavattiin muuten samat lajit kuin ennen kunnostustakin eli hauki, ahven, ruutana ja salakka, mutta uutena lajina esiintyi lahna. Vaativimmat syyskutuiset lajit puuttuivat täysin kalastosta. Pientä kalaa esiintyi enemmän kuin 1980- luvun alkupuolella, jolloin kalasto oli petokala- ja ruutanavaltainen. Kalalajeista ilmeisesti ainoastaan ruutana pystyy talvehtimaan Tuomiojärvessä. Muut lajit otaksuttavasti poistuvat alueelta talveksi tai tuhoutuvat happitilanteen heiketessä. Kalat todennäköisesti nousevat kevättulvien aikaan järveen alapuolisesta vesistöstä, minkä johdosta kalakanta pysyy avovesikautena runsaana.
Tuomiojärvessä on nykyisellään erittäin hyvät lisääntymismahdollisuudet järvessä esiintyville kalalajeille, jotka kaikki ovat kevätkutuisia. Kalan tuotantoon sopivaa aluetta on arvioitu olevan noin 2/3 eli noin 133 hehtaaria. Runsaan ravinnon tuotannon vuoksi kalojen kasvu on erittäin hyvä. Kalojen nouseminen järveen keväällä on mahdollista, koska pato pidetään tulvan aikaan avoinna.
Pohjaeläimet

Kasvittomilla alueilla olivat yleisimpiä yleensä joko vesisiira tai harvasukasmadot. Sammaloituneilla pohjilla tavattiin isokokoisia, pitkäikäisiä eliöitä. Ruovikoissa ja kortteikoissa suurin osa eläinbiomassasta muodostui surviaissääsken toukista. Tuomiojärven veden näkösyvyys on melko olematon (0,2 m) mikä heikensi lintujen ja kalojen mahdollisuuksia käyttää pohjaeläimiä ravinnokseen.